清道光年后，由于国力衰弱，宣布撤三山陈设，清漪园逐渐荒废。咸丰十年（1860年），清漪园被英法联军大火烧毁。

光绪十二年（1886年），奕奏请慈禧“修治清漪园工备操海军”，并提出“创办昆明湖水操学堂”，慈禧太后以筹措海军经费的名义动用银两（据专家考证，应为500至600万两白银），由样式雷的第七代传人雷廷昌主持重建清漪园，作消夏游乐地。

光绪十四年（1888年），取“颐养冲和”之意，改园名为颐和园。

光绪二十一年（1895年），修复工程结束。颐和园建成后，慈禧太后久居于此，处理军国大事，发号施令，颐和园成为当时的政治中心。